《土地管理法》第七十五条规定：“违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”该条未明确厘清有关部门的具体职责，新《土地管理法实施条例》释义一书中对该问题进行了阐释。 根据《土地管理法》第七十五条的规定，破坏耕地的违法行为由自然资源主管部门、农业农村主管部门按照职责作出并处罚款的行政处罚。

        根据《行政处罚法》第二十九条的规定，对当事人的同一违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的，按照罚款数额高的规定处罚。
 

        新修正的《土地管理法》实施后，地方普遍反映对破坏耕地的违法行为自然资源主管部门与农业农村主管部门如何划分行政处罚权不明确，极易导致两个部门都处罚或者都不处罚，给土地执法带来困扰。

        自然资源主管部门与农业农村主管部门应当加强信息沟通和执法协作，以耕地的数量和质量为标准，对两部门的执法职责进行大体的划分，即自然资源主管部门侧重于耕地数量的保护和监管，对违法《土地管理法》第七十五条规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖沙、采石、采矿、取土等违法行为，主要由自然资源主管部门立案查处；对于因土地开发造成土地荒漠化、盐渍化的，主要由农业农村主管部门立案查处。两个部门要加强沟通协调，信息共享，不得推诿扯皮，也不得对当事人的一个违法行为给予两次以上罚款的行政处罚。根据破坏耕地违法行为的性质和情节，并处罚款的数额标准两个部门要大体一致，不能畸轻畸重，一个部门一个标准。要严格按照法定程序来进行，给予当事人必要的陈诉申辩权。

        对于数额较大的罚款，当事人申请听证的，自然资源主管部门、农业农村主管部门应对举行听证。听证应对按照《行政处罚法》的规定，遵循法定程序。
 

        同时，新的《行政处罚法》还对当事人缴纳罚款的方式作出了更加人性化的规定，明确：当事人确有经济困难，需要延期或者分期缴纳罚款的，经当事人申请和行政机关批准，可以暂缓或者分期缴纳。

        为了解决将罚款作为行政机关创收手段的问题，《行政处罚法》还明确：作出罚款决定的行政机关应当与收缴罚款的机构分离。除依法可以当场收缴的罚款外，作出行政处罚的行政机关及其执法人员不得自行收缴罚款。当事人应当自收到行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行或者通过电子支付系统 缴纳罚款。银行应当收受罚款，并将罚款自接上缴国库。