代理律师接到案件第一时间帮助公司作为原告诉请法院1、撤销被告某生态环境局作出的《行政处罚决定书》；2、撤销被告某区人民政府作出的《行政复议申请决定书》；3、本案诉讼费由二被告承担。

被告某生态环境局答辩称，行政处罚认定事实清楚，适用法律正确，行政行为内容合法，原告没有办理环境影响评价手续，没有取得审批机关的环境影响评价批复，擅自开工建设，违反了《中华人民共和国环境保护法》和《中华人民共和国环境影响评价法》，依法处以罚款并可以责令恢复原状，且实施行政处罚程序合法。请求法院驳回原告诉讼请求。被告某区人民政府亦答辩称生态环境局作出的处罚决定证据确凿，适用依据正确，程序合法，处罚内容适当，请求法院依法驳回原告诉讼请求。

法院认为，《行政处罚法》第三十七条规定了：“实施行政处罚，适用违法行为发生时的法律、法规、规章的规定。但是，作出行政处罚决定时，法律、法规、规章已被修改或废止，且新的规定处罚较轻或者不认定为是违法的，适用新的规定”而2013年4月，原告已经竣工投产，违法状态在2013年4月终止，故应当适用当时的法律，被告某生态环境局适用新法适用法律错误。

最终判决撤销被告某生态环境局作出的《行政处罚决定书》；撤销被告某区人民政府作出的《行政复议申请决定书》；本案诉讼费由被告承担。

庭审过程中主要围绕被告某生态环境局作出的处罚决定内容是否合法进行辩论。而所谓行政处罚内容是否合法，我们认为，主要包含了包括事实认定是否正确清楚，适用法律法规是由有误。

代理律师围绕以上争议焦点，提交了在案十七组证据予以证明，涵盖了企业用地证明、资质证明、及经营许可及众多企业获取的种植认定文件。同时针对被告所指出的环境影响评价问题补充提交了已经制作但未经批准的环评文件和当地水源划分及历史划分文件；被告同样提供了众多证据，主要列举了自2014年开始对该公司（原告）进行处罚前置程序（其中包括了调查询问、听证、陈述申辩等环节），程序看起来比较完备，主要证明原告环评文件未经批准，以及被告处罚程序完善的事实。结合原被告所提交的证据，法院也因此完整的查明了整个案件事实经过。尤其在原告2012年年初生产投入石斛种植基地以及2013年4月已经建设完毕的事实均可以在证据中予以体现。这些重要事实也为后来法律法规的适用认定打下了坚实的基础。并且企业信赖利益可以通过原告提交的众多许可文件予以证明，而不是空口阐述信赖利益原则。

在适用法律方面，《行政处罚法》在第三十七条其实明确了，行政处罚在新旧适用阶段，要采取从旧兼从轻的原则，也就是有利于被处罚人的原则。本案中，一方面，2002年出台的原《环境影响评价法》明确了对于已经作出“环境影响评价文件”但未经有关部门批准的，可以采取责令停止建设、罚款及限期补办的方式予以消除影响。另一方面，案涉某水库在划入饮用水源保护区时，原告的厂房建筑早已建设完毕。因此，本案被告适用新《环境影响评价法》处罚原告早已建设完毕的行为并采取责令恢复原状的处罚方式，明显属于处罚过当且适用法律法规有误。最终，法院在判决中也采纳了代理律师的以上观点，直接认定了二被告属于适用法律错误，撤销了二被告作出的处罚决定及复议决定。

在征地拆迁领域，除去房屋被因历史原因被认定为违法建设的常见方式外。随着环境影响的重要性逐步提高，尤其对于众多企业来讲，涉及水源保护区、水域污染以及大气环境污染等问题也随之而来。实践中，由于各种行政因素及历史或当地政策原因。有关部门也会以违反环保法律法规或政策为由对企业实施环境行政处罚、行政强制等措施。

作为企业来讲，一定要在平时注重保存好企业经营证明材料，更要及时办理并保存相关环保手续。万变不离其宗，遇到此类纠纷依然应当从基本事实入手。只有结合基本事实才能更好的运用《行政处罚法》、《环境保护法》等准确的分析相关部门所运用的具体条文，并通过分析具体条文运用法律手段来解决征迁难题及企业困境。